Acidi nucleici

Nucleotidi funzioni:

1. Componenti degli acidi nucleici 2. Trasportatori di energia chimica (NTP- nucleotide trifosfato) 3. Cofattori enzimatici (CoA, ma l'adenosina non partecipa direttamente, FAD, NAD+) 4. Molecole regolatrici (AMPc, GMPc - secondi messaggeri)

Conformazioni della doppia elica:

A, B e Z

I nucleotidi sono acidi o basici?

Acidi

Quali sono gli acidi nucleici?

Acido desossiribonucleico (DNA) e acido ribonucleico (RNA)

Quali sono le purine? Quorine?

Adenina e guanina

Forza ionica

Aumenta se aumenta la concentrazione salina

Struttura del RNA

Differisce dal DNA per: 1. Ribosio invece di 2'-desossiribosio 2. Uracile al posto della timina 3. Forma singola catena polinucleotidica

Che cosa succede con l'RNA in condizioni alcaline (basiche)?

Esso si degrada (idrolizza)

Se due tratti di RNA che hanno sequenze complementari si trovano vicini, possono formarsi strutture particolari:

Forcina, gemma o ansa Sono tratti di strutture a doppia elica

Nucleotidi

Formati da base azotata legata a zucchero (ribosio o desossiribosio) tramite legame N-glicosidico e un acido fosforico al C5.

Che cosa avviene se poi le condizioni ritornano a quelle di partenza?

Il dna si può rinaturare e formare molecole ibride

Come si presenta il legame glicosidico nel DNA destrorso?

In conformazione anti

Che cosa avviene se A si lega a C?

Ingombro sterico

Fattori che stabilizzano/destabilizzano la doppia elica:

Intrinseci e estrinseci

Conformazione Z:

L'elica è sisnistrorsa, il legame glicosidico nelle purine è sin e nelle pirimidine anti. Alcune reglioni del DNA nella cellula si trovano in questa conformazione per motivo sconosciuto

Che cos'altro oltre ai legami idrogeno stabilizza la doppia elica?

L'interazione di impilamento tra le basi

Che cosa si usa per lo studio della degradazione?

L'ipercromismo del DNA

Dove si trova il legame N-glicosidico nelle pirimidine?

Su N1

Dove si trova il legame N-glicosidico nelle purine?

Su N9

Fattori estrinseci:

Temperatura, pH, forza ionica, cosoluti cariotropici (sostanze che alterano le interazioni con acqua e altre molecole)

Che cosa libera l'idrolisi completa degli acidi nucleici?

basi azotate, uno zucchero a 5 C e acido fosforico

Che cosa avviene se il DNA viene riscaldato sopra i 100 gradi o posto a pH elevato?

Si denatura

Le forme delle basi predominanti a pH fisiologico sono cariche o no?

Non sono cariche, protonazioni e deprotonazioni delle basi possono avvenire a pH lontani da quello fisiologico.

DNA:

Polimero di desossiribonucleotidi

RNA:

Polimero di ribonucleotidi

Funzioni del RNA

1. Non è materiale genetico che viene duplicato 2. Funzione di intermediario (mRNA, messaggero) 3. Funzione di raccordo (tRNA, traduzione, riconosce, associa mRNA e proteine) 4. Funzione di regolazione (miRNA, micro, lega altri RNA, riconosce la loro stabilità e attività) 5. Funzione catalitica (ribozimi, sono enzimi)

Solco maggiore:

1. Più accettori e donatori di H esposti 2. interagisce più facilmente 3. È più accessibile al riconoscimento Quindi è più informativo

Acidi nucleici caratteristiche

1. Vettori dell'eredità e agenti del trasferimento dell'informazione (attraverso DNA e RNA) 2. Polimeri lineari di nucleotidi legati dal 5' al 3' con ponti fosfodiesterei

Fattori intrinseci:

1.Composizione in basi: più stabile se ci sono più GC (più legami H) 2.Peso molecolare: più stabile se è più lungo il filamento (più interazioni vdW)

Quante basi contiene un giro d'elica?

10,5 basi

Quanti legami si formano tra adenina e timina?

2

Quale zucchero viene liberato dall'idrolisi del DNA ?

2-desossiribosio

Quanit legami si formano tra citosina e guanina?

3

Le regioni delle basi che si affacciano nel solco maggiore e minore:

Creano sistema di donatori e accettori di idrogeno e superfici di vdW

Quali sono le pirimidine?

Citosina, uracile e timina

Nucleosidi:

Composti da una base azotata legata ad uno zucchero tramite legame glicosidico

Con quali legami si legano le due basi complementari?

Con legami idrogeno

Conformazone B:

DNA meno concentrato, 10 pb per giro d'elica, è quello che si trova solitamente nelle cellule

Conformazione A:

DNA più cocnentrato, contiene 11 pb per giro

Quale zucchero viene liberato dall'idrolisi del RNA ?

Ribosio

Com'è il legame N-glicosidico nei nucleotidi?

Sempre beta.

Come fa un enzima a riconoscere una sequenza di DNA?

Lega il DNA a livello di un solco e interagisce in modo specifico con i residui

Quale legame si forma in un nucleotide tra zucchero e fosfato?

Legame fosfodiestereo

Nucleotidi e acidi nucleidi:

Molecole che possiedono basi azotate

Come sono tenuti assieme i filamenti della doppia elica?

Tramire appaiamento delle basi con orientazione antiparallela, le basi hanno forme complementati

Con quale legame si legano tra di loro 2 nucleotidi?

Tramite legame fosfodiestereo