Celbiologie
Wat is er verschillend tussen isotopen
# neutrons
Chemische bindingen uitleggen en interpreteren. Sigma vs pi bond explain. Electrostatic en waterstofbruggen name and explain. Ruimtelijke structuren explain.
(chemistry)
De configuratie toekennen van stereo-isomeren van eenvoudige moleculen volgens de R/S notatie
(chemistry)
De fysische eigenschappen van eenvoudige stoffen, zoals smeltpunt, kookpunt, oplosbaarheid in water of apolaire oplosmiddelen inschatten.
(chemistry)
Elektrostatische wisselwerkingen, waterstofbruggen en zwavelbruggen benoemen en de verschillen in bindingssterkte uitleggen.
(chemistry)
Het begrip conformatie beschrijven.
(chemistry)
Het begrip pH kennen en hanteren om de concentratie van H+ te berekenen in waterige oplossingen.
(chemistry)
Het begrip zuursterkte kennen en de pKa-waarde inschatten van eenvoudige zuren.
(chemistry)
Het mechanisme toelichten van eenvoudige reacties tussen organische stoffen en met name: Nucleofiele substitutie, Additie, Eliminatie, Acetaal en ketaal vorming, Condensatie en hydrolyse.
(chemistry)
Verzadigde en onverzadigde lipiden onderscheiden en de opbouw van een lipide dubbellaag beschrijven
(chemistry)
De begrippen orbitaal, elektronenconfiguratie en valentie-elektronen onderscheiden en omschrijven.
(chemistry) - Orbitaal: gebied rondom de atoomkern waar een elektroon 90% waarschijnlijk zit (probability model) - Electron configuration: electron shells/schillen. Shell 1 = S orbital. Shell 2 = S and 3P, Shell 3 = S, 3p, 5d etc. - Valence electrons: electrons in outermost shell that determine overall charge of the molecule (octet rule)
Primaire, secundaire, tertiaire en quaternaire eiwitstructuren onderscheiden en herkennen
(chemistry) - Primary structure: aminozuur volgorde - Secondary structure: vouwing in driedimensionale structuren (stabilisatie door intramoleculaire verbindingen i.e. alpha helix, beta sheet) - Alpha helix -> h brug tussen CO van aminozuur en NH van aminozuur N+4 verder in keten. Promoters: gln, ala, leu, met - Beta sheet -> consist of beta strands (also β-strand) connected laterally by at least two or three backbone hydrogen bonds, forming a generally twisted, pleated sheet. Promotors: Val, ile, cyt, trp - Tertiary structures: polypeptide chain, noncovalent interactions (ionic bonds) and S-S bonds (disulfide bridges), van der waals, hydrophobic, h bridges - Quaternary structures: assembled subunits -> vorm die voorkomt uit associatie van meerdere eiwitketens. Functioneel bijv. afweersysteem, enzymen, receptoren, o2 transport.
Aangeven in hoeverre een stof chiraal is
(chemistry) -> enantiomers polarize light differently -> R (clockwise/right) vs S (counter/left) form. Prioritize then count.
Enantiomeren onderscheiden
(chemistry) -> enantiomers polarize light differently either negative or positive -> meso vorm -> diastereomeren vs enantioments -> n chiral carbons = 2^n stereoisomers if theres no meso form. -> D/L nomenclature is like R/S. about front vs back projection.
Het begrip hybridisatie kennen en de ruimtelijke structuren van eenvoudige organische moleculen toekennen.
(chemistry) -> sp, sp2 and sp3 hybridized orbitals. sp for triple bond, sp2 for double bond. -> i.e. methane example
De begrippen structuurisomerie en cis-trans isomerie onderscheiden en beschrijven
(chemistry) -> tautomeren: structuurisomeren die door een verschuiving van een waterstofatoom in elkaar over kunnen gaan. -> conformatie: ruimtelijke ordening van de atomen die mogelijk zijn door rotaties rond enkelvoudige bindingen. -> staggered vs eclipsed conformation in sp3 hybridized molecules. staggered is generally more stable. -> stoel vs boot conformation in rings. stoel looks like staggered, boot looks like eclipsed. -> cis (same) vs. trans (opposite). wont freely flip on double bonds. priority: atomic number. if 2 atoms at center have same priority, look at next ones. double bond acts like atom is bonded to 2 of the same groups. E = tegenover, Z = zelfde kant. -> cis and trans different in reactivity. i.e. if OH groups are close together in cis formation then h2o will occur after heating. -> galactose is just trans glucose (glucose is cis galactose)
De meest voorkomende sachariden onderscheiden
(chemistry) -Monosacchariden Geclassificeerd op basis van: Het aantal C-atomen in de keten: b.v. pentosen (5 C atomen) en hexosen (6 C atomen) Aldosen (met een aldehyde groep) Ketosen (keto groep) De meeste aldohexosen zitten in de cyclische pyranose (zesring) vorm; De andere zitten meestal in de lineaire keten vorm; De namen van suikers hebben de suffix ose (glucose, galactose, ribose, lactose, etc...)
Verschillende soorten reactietypen onderscheiden en benoemen
(chemistry) Heterolytische splitsing -> beide electronen gaan naar 1 kant. Volle pijl Homolytische splitsing -> 1 electron gaat naar beide kanten (radicals). Halve pijl *Pijl gaat van hoge naar lage electrondichtheid Nucleofile: electron rijk negatief geladen. Electrofile: electron arm positief gelanden. -> racemisch mengsel kennen -> Sn1 and Sn2 reactions know, addition subtraction substitution condensation reactions know ->hemiacetaal -> enolen en enolaat anionen
Ionogene en covalente chemische bindingen onderscheiden en omschrijven.
(chemistry) Ionogene: metal and nonmental most of the time. Electrostatic wisselwerking between negative and positive atoms/molecules Covalente: Between nonmetals. Electron pair sharing via octet rule.
De namen van de natuurlijke aminozuren opnoemen, de drieletter-afkorting en de één-letter notatie herkennen
(chemistry) Know alanine, valine, leucine, isoleucine, phenylalanine structures. - Glycine -H - Alanine -CH3 - Leucine -CH2CH(CH3)2 - Phenylalanine - Serine -OH - Cysteine -SH - Tyrosine -benzene ring with OH opposite connection - Glutaminezuur - CH2CHCOOH http://homepages.gac.edu/~dahlseid/CHE360/Resources/AAshortcuts.pdf
De namen van de DNA baseparen kennen, de suiker en de base van de deoxyribonucleotiden herkennen.
(chemistry) Know chemical makeup of cytosine, guanine, thymine, adenine, uracil. Know difference chemically between purine, pyramidine. Know how many hydrogen bonds between c/g (3), a/t (2). DNA 2nm thick.
De relatie leggen tussen de elektronische structuur van de elementen en de opbouw van het periodieksysteem.
(chemistry) S block, P block, D block in periodic table.
De ruimtelijke structuur van eenvoudige stoffen en vooral organische verbindingen toekennen.
(chemistry) Vsepr chart https://quizlet.com/44576647/vsepr-molecular-geometry-and-bond-angles-flash-cards/
De functionele groepen: alcoholen, ethers, esters, aldehyden, ketonen, carboxylgroepen, thiolen, amino en amide onderscheiden en benoemen.
(chemistry) https://quizlet.com/65296595/organic-chem-lyf-flash-cards/ plus ethers. Polyaromatic hydrocarbons -> naftaleen, antraceen, fenatreen, pyreen. very stable make up 20% of carbon in the universe. Kennen: mierenzuur, acijnzuur, propionzuur, boterzuur, melkzuur, pyrodruivenzuur, benzoezuur, acetylsalicylzuur
De eigenschappen van de aminozuren benoemen: hydrofiel of hydrofoob en negatief of positief geladen
(chemistry) - Zuursterkte wordt bepaald door de stabiliteit van de geconjugeerde base. - Zijketen is of een zuur of een base. - Hydrofobe = apolaire zijketens (gly ala val leu isoleu phenyl methio pro tryp) - Hydrofiel = polaire zijketens (ser threo tyro cyst aspargine glutamine asparginezuur glutazuur histidine lysine arginine) - Tyrosine workdt ook gezien als een hydrofobe aminozuur.
s- en p-bindingen omschrijven.
(chemistry) sigma and piiiiiiie
De 4 macromoleculen waaruit de cel bestaat benoemen
(mbotc)
Zijwaartse conductie.
(mbotc)
benoemen wat de generieke functies van membranen zijn
(mbotc)
benoemen welke chemische elementen voorkomen in de levende cel
(mbotc)
de 4 types eiwitfunctie samenvatten: chemie (reactie, energetica), fysica (transport, energetica), informatie (receptor, kinases, transcriptie factoren), structuur (motor eiwitten, topoisomerases, histonen)
(mbotc)
de basisprincipes van redox-chemie en energie-conservering samenvatten
(mbotc)
de begrippen balansen en co-enzymen uitleggen en de noodzaak van cycli van de e-, C- en energiedragers toelichten
(mbotc)
de belangrijke ATP gedreven pomp: Na+/K+-ATPase (Fig. 11.15) beschrijven. Uitleggen waardoor en waartoe deze electrogeen is?
(mbotc)
de betekenis van energie en entropie toelichten en uitleggen waarom beiden belangrijk zijn: Gibbs energie als gecombineerde driver voor processen
(mbotc)
de componenten van de ademhalingsketen benoemen
(mbotc)
de concepten: ATP gedreven protonpomp, H+-ATPase en mechanisme van ATP-synthetase, uitleggen
(mbotc)
de energie conserverende systemen samenvatten
(mbotc)
de functie van cofactoren en co-enzymen uitleggen
(mbotc)
de gelaagdheid (hiërarchie) van de regulatie van eiwitfunctie uitleggen: - expressie niveau - niet covalente binding van liganden: substraat, product, allostere regulator - covalente modificatie, zoals fosforylering - translocatie (voorbeeld: nucleaire hormoonreceptoren en hun heen-en-weer bewegen over het nucleaire membraan; zie ook practicum ligand binding/translocatie van cytoplasma naar nucleus van de (ligand geactiveerde transcriptiefactor) humane Glucocorticoïdreceptor (hGR)).
(mbotc)
de koppeling tussen de volgende processen uitleggen; chemie, ATP-synthese, glycolyse, oxidatieve fosforylering
(mbotc)
de principes van transmembraan transport uitleggen
(mbotc)
de relatie tussen Gibbs energie, evenwichtsconstante, activeringsenergie en enzym-katalyse uitleggen
(mbotc)
de relatie tussen membraanstructuur en -functie uitleggen;
(mbotc)
de relatie tussen redoxpotentiaal en de structuur van de ademhalingsketen uitleggen
(mbotc)
de specifieke structuren van transmembraan-eiwitten toelichten
(mbotc)
de strategie van neurotransmissie uitleggen; waarom wordt het niet geïnitieerd door het activeren van de Na+K+-ATPase?*.
(mbotc)
de volgende concepten samenvatten: membraan-vloeibaarheid, mobiliteit van membraaneiwitten, lipide schotsen
(mbotc)
de volgende concepten toelichten: elektrische potentiaal /ongelijk aan ion gradiënt; actieve en passieve deel
(mbotc)
de volgende concepten uit de enzymkinetiek uitleggen: Michaelis Menten, allosterie, modificatie, remmers, Hill coëfficiënt
(mbotc)
de volgende concepten uitleggen: enzymkatalyse en de rol van specifieke aminozuren daarin; effect op activerings Gibbs energie; entropie, energie compromis*
(mbotc)
de volgende concepten uitleggen: metabolisme bij neurotransmissie (glutamaat, glutamine); bi-cellulair metabolisme (neuronen en astrocyten)*
(mbotc)
de volgende concepten uitleggen: metabool pad; een flux; een steady state; feedback remming.
(mbotc)
de volgende erfelijke stofwisselingsziektes toelichten: fenylketonurie en het effect op hersenen; Parkinsons ziekte. de concepten metabole kaarten en fluxen samenvatten
(mbotc)
demonstreren van het rekenen met de Nernst-vergelijking; rustpotentiaal
(mbotc)
het belang van de sterke (covalente) bindingen en de 4 zwakke interacties, ion-binding, vd Waals, H-bruggen, en hydrofobe interacties uitleggen
(mbotc)
het concept ion gradiënt uitleggen
(mbotc)
het kennen van de ion compositie binnen en buiten de cel
(mbotc)
het mechanisme achter de protonenpompen uitleggen
(mbotc)
kan de ATP opbrengst construeren
(mbotc)
kan de volgende concepten samenvatten: flux controle coëfficiënt; verdeelde controle
(mbotc)
neurotransmitter metabolisme uitleggen aan de hand van de volgende concepten: glutamaat, GABA, serotonine uit Trp, Dopamine, epinefrine (=adrenaline) vanuit tyrosine.
(mbotc)
uitleggen dat er verschillende types netwerk zijn; intracellulair en cellulair (hersenen).
(mbotc)
uitleggen hoe dit alles in de hersenen speelt: meetmethodes en metabole stoornissen kort toelichten
(mbotc)
uitleggen hoe enzymen tot/naar elkaar praten en luisteren: elasticiteit*
(mbotc)
uitleggen waar en waarom (evolutionair gezien) ademhaling deels plaatsvindt in membranen
(mbotc)
uitleggen waarom er energie nodig is voor en cel om zich te handhaven?
(mbotc)
verschillende types van transmembraantransport benoemen
(mbotc)
Stuctuur van peptiden
-Schrijf met N terminus (amine) links en C terminus (cooh) rechts -Most naturally occurring chiral amino acids are S, with the exception of cysteine because of the sulphur group, it messes up the nomenclature. - Trans orientatie rondom de amide binding
Hoe groot in scientific notation is een waterstofatoom, water molecuul, myoglobin
25x10^(-12)m atoom (picometer) 150x10(-12)m molecuul (nanometer) 3.5x10(-9)m myoglobin (micrometer)
Hoeveel peptiden kan gemaakt worden uit de 20 natuurlijke aminozuren met een lengte van
5 -> 3,2*10^6 40 -> 1,10*10^52
Amino acid describe chemistry
Algemene structuur aminozuur: amine + carboxyl zuur. Amphoteric (acid and base simultaneously). So either reacts as base (h3n+) or as acid (coo-) Zwitterion = h3n+ and coo- at ph of 7
Veel stikstof (N) betekent dat een stof wat is?
Basic
Know chemical structures ATP, ADP, AMP and why they provide so much energy
Because it's lots of times repeated not just an isolated incident.
Wat zijn lipiden?
Esters van organische zuren
99% van de atomen in het menselijke lichaam zijn:
H, C, N, O
What elements are essential for humans?
H, Na, Mg, K, Ca, Mo, Mn, Fe, Co, Cu, Zn, C, N, O, P, S, Cl, Se, I
What did Ernest Rutherford, Niels Bohr and Schrodinger do?
Ontdekking atoomkern (rutherford) Model of atom (bohr) Killed a cat (schrodinger)
Know structure sugar
• De naam koolhydraat komt uit het Frans: hydrate de carbone; • En bestaan dus uit C, H en O; • Hebben een samenstelling van (CH2O)n (n = 6 dan C6H12O6) • Uitzonderingen op de formule zijn: deoxysuikers en aminosuikers; • Koolhydraten zijn de meest voorkomende stoffen in de natuur (cellulose biosynthese: 100 miljoen ton jaarlijks).
