3 paskaita: nomeklatūra

virusai gali būti klasifikuojami atsižvelgiant į:

-nukleorūgštį (baltimorės klasifikacija) -morfologinės savybės (dydis, forma, ar turi lipidinį apvalkalą, kapsidės simetriškumas) -fizikinės ir cheminės savybės (molekulinė masė, sedimentacijos koeficientas, jautrumas fizikiniams ir cheminiams veiksniams) -replikacijos savybės ir susirinkimo vieta (pvz replikacija branduolyje o susirinkimas citoplazmoje, viruso replikacija per tarpininką:dgDNR ar vgDNR) -šeimininkų spektrą -perdavimo būdą (per kvėpavimo takus, fekaliniu-oraliniu būdu, lytiniu keliu, per kraują) -antigenines savybes ir patogeniškumą

virusų grupės (remiantis baltimorės klasifikacija)

I grupė: virusai, turintys dgDNR II grupė: virusai, turintys vg prasminę DNR III grupė: virusai, turintys dgRNR IV grupė: virusai, turintys prasminę vgRNR V grupė: virusai, turintys antiprasminę vgRNR VI grupė: RNR virusai, kurių reprodukcijos cikle yra atvirkštinės transkripcijos VII grupė: DNR virusai, kurių reprodukcijos cikle yra atvirkštinės transkripcijos

koks yra realm atitikmuo?

bakterijų, archėjų ir eukariotų domenų atitikmuo

virusų kilmės hipotezė

bendras virusų linijos protėvis turėjo egzistuoti dar prieš išsiskiriant eukariotų, archėjų ir bakterijų domenams.

sistematika

biologijos šaka. tyrinėjanti gyvų ir fosilinių organizmų tarpusavio ryšius, grupavimą, evoliuciją ir filogeniją. Grindžiama dviejų tipų tyrimais: 1. organizmų sandaros ir funkcionavimo, santykių su aplinka, lyginamųjų duomenų kaupimu 2. lyginamųjų duomenų naudojimu klasifikacijoje, evoliucijos proceso ir filogenijos tyrimams

virosfera - antropocentrinė?

dauguma šiuo metu charakterizuotų virusų yra susiję su šiomis žmogui svarbiomis sritimis: -ekonomika -medicina -biotechnologija

virusų paskirstymas pagal Baltimorės klasifikacija

didžioji virusų dauguma - dgDNR, vgRNR ir vgDNR turintys virusai; labai mažą infekuojamų ląstelių-šeimininkų skaičių turintys virusai

klasifikaciją galima traktuoti...

dvejopai kaip procesą ir kaip šio proceso rezultatą, t.y. sistemą. Pagrindinis klasifikacijos kaip proceso uždavinys yra organizmų suskirstymas į įvairaus rango taksonomines kategorijas ir hierarchijų sistemų sudarymas

kaip pavadinti virusą?

griežtų taisyklių nėra, tačiau svarbu informatyvumas. Vengti: -jau egzistuojančių virusų pavadinimus -itin trumpų ar ilgų virusų pavadinimų -graikiškų raidžių ar simbolių -kontraversiškų frazių, keiksmažodžių, žinomų žmonių vardų ar prekės ženklų frazių

virusų struktūros konservatymu paremta virusų klasifikacija

jei virusai yra evoliuciškai susiję arba sugeba keistis genetine medžiaga -> virusai greitai keičiasi, prisitaikydami prie savo šeimininkų, ir genominės seko diverguoja geno seka gali keistis, nors viruso baltymų funkcijos ir struktūra išlieka tokia pati.

virusų nomklatūra

ji nepriklauso nuo kitų biologinių nomeklatūrų. Virusų taksonų nomenklatūra yra pripažinta išimtimi: nėra binominės nomklatūros. Ši nomklatūros sistema skiriasi nuo kitų taksominių kodų, virusų taksonų, pvz: eilių, šeimų ar genčių pavadinimai yra rašomi kursyvu, o rūšis - ne kursyvu.

kiti klasifikavimo būdai

jie dažnai remiasi viruso sukeliama liga ar jo morfologija ir nėra visikai patikimi dėl skirtingų virusų, sukeliančių tą pačią ligą arba turinčių labai panašią morfologinę struktūrą. Klasifikuojant virusus pagal jų genetinės medžiagos savybės galima tikėtis, kad tie, kurie priklauso tai pačiai kategorijai, elgsis panašiai.

baltimorės klasifikacija

klasifikavimo sistema, pagal kurią virusai patenka į vieną iš septynių grupių, priklausomai nuo jų: 1. nukleorūgšties (DNR arba RNR) 2. nukleorūgšties tipo (viengrandinė arba dvigrandinė) 3. nukleorūgšties reikšmės (prasminė ar antiprasminė) 4. replikacijos metodo

baltimorės klasifikacijai svarbiausia

nukleorūgštis ir iRNR pateikiamas ribosomoms. skirtingos morfologijos virusai gali priklausyt tai pačiai grupei.

biologinių struktūrų konservatyvumo eiliškumas

nukleorūgščių seka -> baltymo funkcija -> baltymo struktūra ypač konservatyvi baltymų, atsakingų už gyvybines funkcijas struktūra. baltymų tretinės struktūros panašumai atrasti yatp virusų, infekuojančių visiškai skirtingus šeimininkus

Binominė nomeklatūra

rūšies pavadinimas sudarytas iš dviejų lotyniškų žodžių, kuris pirmasis nurodo gentį, o antrasis - rūšį

taksonomija yra

sistematikos dalis, mokslas, tiriantis organizmų klasifikacijos principus ir metodus, nustatantis taksonomines kategorijas, apimantis nomeklatūrą, organizmų aprašymą ir apibūdinimą

ką atlieka tarptautinis virusų taksonomijos komitetas (ICTV)?

skirsto virusus į tam tikrus taksonominius vienetus ir suteikia šiems vienetams pavadinimus

taksonas

tam tikro giminingumo organizmų grupė biologinėje organizmų klasifikacijoje, turinti unikalų pavadinimą

virusų grupės remiantis baltimorės klasifikacija

viruso baltymų sintezę vykdo ląstelės-šeimininkės ribosomos. Bet kuris virusas reprodukcijos metu turi pateikti ribosomoms viruso iRNR.

kaip klasifikuoti naujai atrastą virusą?

virusų priskyrimas taksonominiam rangui atsižvelgiant į genomo identiškumą nukleotidų lygmenyje: ->95% virusai priklauso tai pačiai virusų rūšiai -70-95% nauja viruso rūšis -<70% nauja virusų gentis esminis kriterijus, kuriuo virusai šiuo metu priskiriami taksonominiam rangui - genetinė informacija

kaip matematiškai galima apibrėžti taksonomiją?

visi objektai yra išdėstomi į tam tikrą medžio struktūrą. Šio medžio pagrindą paprastai sudaro vienintelis klasifikacijos elementas, kuriam priklauso visi kiti šios klasifikacijos objektai. taksonas, einantis žemiau už pagrindą, yra labiau specifinis ir išskiria tam tikrą klasifikuojamų objektų aibę pagal tam tikrą požymį.

Carolus Linnaeus

įvedė oficialią klasifikavimo sistemą, pasidalindamas visus gyvus organizmus į dvi grupes: Plantae ir Animalia

virosfera

žemės dalis, apimanti visas aplinkas, kuriose vyksta gyvenimas ir kuriose virusai sąveikauja su savo šeimininkais. virusai suskirstyti pagal nukleorūgštį ir infekuojamą šeimininką.