Fermentai
ar flavino mono ir di nukleotidai yra nukleotidai?
ne
zimogenai
neaktyvi forma fermento. chimotripsino, tripsino aktyvių formų susidarymas iš zimogenų - chimotripsinogeno, tripsinogeno
kaip nikotino rūgštis dar vadinama?
niacinu
Piridino nukleotidai
nikotino rūgštis ir nikotinamido kofermentai: nikotinamido adenino dinukleotidas NAD+ nikotinamido adenino dinukleotido fosfatas NADP+
dehidrogenazė
nuima H
dehidratazė
nuima vandenį
kas lemia reakcijas su TPP?
nuo tiazolo žiede esančio karbanijono (su neigiamu krūviu) - vyksta kirpimas TPP satabilizuoja neigiamą krūvį su tiazolo žiede esančiu azoto atomu
klase 1
oksidoreduktazes. katalizuoja redokso reakcijas - perneša H, O, elektornus
kokiose reakcijos dalyvauja vitaminas B6?
peraminimo, dekarboksilinimo,eliminavimo, racemizacija (enantiomero pokytis), adolinėse reakcijose : kondensacinė ir skaidymo
Biotinas. funkcijos
pernešti COOH grupę
vitaminas B6
piridoksinas ir piridoksalio fosfatas
kada reakcija yra vienoje molekuleje, koks laipsnis ir dimensija?
pirmojo laipsnio s-1
lipo rūgštis randama
piruvato dehidrogenazė alfa-ketoglutarato dehidrogenazė
ka atspindi punktyrines linijos?
pradinis fermento reakccijos greitis, kuri verte priklauso nuo substrato koncentracijos
kaip išreiškiamas substarto virtimas produktu?
produkto koncentracijos pokytis/laiko vieneta
kokios spalvos semichinonai ? kaip priklauso nuo ph??
raudoni arba mėlyni - bespalvis
kada reakcija būna dvimolekulinė? ir antro laipsnio? kokia dimensija?
reaguojant dviems molekulems. konstanta k antrojo laipsnio M-1 * s-1
delta G 0 - tai
reakcijos S->P standartinis laisvosios energijos pokytis
kokia kofermento forma turi sugertį?
redukuota
iš ko susideda riboflavinai, vitaminai B2?
ribitolis, flavinai, izoaloksazino žiedas
Michaelio - Menten lygtis
rodo santykį tarp substrato koncentracijos ir reakcijos greičio
ryšiai su vitaminas B12
stiprūs kovalentiniai
kas sukuria aktyvacijos energijos skirtumą tarp nekatalizujamos ir katalizuojamos reakcijos?
substrato pereinamoje būsenoje ir fermento sąveika
kodėl substratas jungiasi su fermentu?
substrato struktūra komplementari fermento struktūrai
fermenta komplementarus substratui ar substrato pereinamajai busenai? kodel tai svarbu?
susbstrato pereinamajai busenai - tai destabilizuoja substrata ir. susidaro daugiau produkto
kur greitesne pirmo laipsnio reakcija? kur molekules judejimas daugiau ar maziau aprobotas?
ten kur labiau apribotas judėjimas
klase 2
transferaze - pernesa funkcines grupe
pi-chimotripsino susidarymas
tripsinui perkirpus chimotripsinogeną.
kuo pasižymi fermentų veikimas?
veikia greitai, tiksliai, nesusidaro nereikalingi produktai
vitaminas B12 reakcijos
vidumolekulinės reakcijos ribonukleotidų redukcija iki deoksiribonukleotidų metilo grupės pernešimas (tetrahidrofolato pagalba)
nukleotido adenino kofermentai - klasės
visi naudoja adenino grupę, kad galėtų jungtis: piridino dinucleotidai flavin mono ir dinukleotidai kofermentas A
NADP+
yra substratas
kiek elektronų gali pernešti flavinai?
1-2 el
kiek elektronų perneša piridino nukleotidai? kokia forma?
2 elektronus - HIDRIDO forma
kas sudaro pirmine chimotripsino struktura?
3 polipeptidines grandines sujungto disulfidiniais tilteliais
į kokius koferementus verčiamas B12?
5'-deoksiadenozilkobalaminas metilkobalaminas
kaip pereinamoje būsenoje gali būti stabilizuojamas susidarantis teigiamas krūvis?
H3O - savitoji rugstine katalize HA - bendroji rugstine katalize
su kokia amino r junguiais biotinas?
Lizinu ir sudaro stiprius kovalentinius ryšius. susidaro Biocitinas
nuo kurio galo aktyvinamas tripsinogenas?
N - enteropeptidazė nukerpa 6 aminorugsciu peptida.
Kaip susidaro redukuotos kofermentū formos NADH ir NADPH
NAD+ ir NADP+ redukuojasi, prisijungdami hidrido joną (H- ) nuo oksiduojamojo substrato.
kokie yra reakciju mechanizmai ir kuo jie skiriasi?
Nuoseklusis - susidaro trinaris tarpinis kompleksas ir ping png - susudaro dvinaris tarpinis kompleksas
kas vyksta jei protona prisijungia ?
OH - savitoji bazine katalize B: - bendroji bazine katalize
kas sudaro katalizinę triadą?
Serinas Histidinas Aspartatas
kaip chimotripsine vyksta substrato prijungimas?
Serino molekulės OH grupė atakuoja peptidinio ryšio karbonilo grupę. atakos metu deguonies atome susidarantis neigiamas krūvis yra stabilizuojmas oksianijono plyšyje.
kokia aktyvi tiamino forma?
TPP
Vitaminas B1
Tiamino pirofosfatas TPP tiaminas - tiazolo žiedas metilenu prijungtas prie pirimidino yra fosfoanhidridas - difosfatas
koferemnto A funkcija
acetilo grupės pernešimas
lipo rūgšties reakcijos
acilo grupės ir elektronų pernešimas per oksidaciją ir alfa-keto rūgščių dekarboksilinimą
lipo rūgštis funkcija
acilo grupės pernešimas
kokia struktūra vitaminas B12?
adeninas ir ribozė, tik 2' padėtyje nėra hidroksi grupės
kokiose reakcijose dalyvauja TPP? kaip?
angliavandenių metabolizme. katalizuoja alfa-keto rūgščių dekarboksilinimą dalyvauja alfa-hidroksiketonų formavimasi ir karpyme
greičiau vyksta pirmojo ar antrojo laipsnio reakcijos?
antrojo
aktyvi chimotripsino forma
autolizės būdu iš pi-chimotripsino
Kofaktorius
baltymas + metalo jonas. suteikia fermentui savybę, kad jis gali daugiau reakcijų atlikti kofermentai metalų jonai
vitaminas B12
cianokobalaminas
donoras ir akceptorius - skirtumai
donoras - su H, teigiamu kruviu akceptorius - be H ar su neigiamu kruviu
fermento funkcija susijusi su energija
energijos nesuteikia, bet sumažina reikalingą energijos keikį, kad įvyktų reakcija
kurioje dalyje jungiasi substratas?
fermento aktyviame centre
kokia yra flavino aktyvios formos?
flavino mononucleotidas FMN flavino dinukleotidas FAD
Folio rūgštis
folatai yra donora0 - 1 c grupės pernešimas išskyrus CO2
kokios spalvos oksiduotas flavinas ir koks jis tampa vėliau?
geltonos tampa BESPALVIU
kokie yra slopinimo mechanizmai?
griztamasis ir negriztamasis
kokia saveika prisijungia substratas? hidrofobine ar hidrofiline?
hidrofobine - aromatines aminorūgšties liekana
kurioje flavino mono/dinukleotido dalyje didžiausias elektronų debesėlis?
izoaloksazino
vitaminas
kofermentas. klasifikuojami kaip tirpūs vandenyje, tirpūs riebaluose
kaip galima reguliuoti fermentų aktyvumą? pvz
kovalentiškai modifikuojant. raumenų glikogeno fosforilazės aktyvumo reguliavimas - fosforilinant
entropija padidėjus reakcijos greičiui
mažėja
kokia kofermento A grupė jungiasi ir ką daro?
merkapto grupė atskelia acilo grupę prisijungia pri ejos tioesteriniu ryšiu ir nuneša
kokiose reakcijose dalyvauja TPP?
mielių piruvato dekarboksilazė acetolaktato sintazė transketolazė fosfoketalazė