DNR biosintezės bendrieji bruožai
chelatavimas
neigiamo krūvio dalelių (pav fosfatų) stabilizacija (daro B magnio jonas)
oriC
origin of Chromosomal replication (in E.coli)
SSB funkcija
palaikyti grandines išsiskyrusias
autoradiografijos metodas
patvirtinimas, kad DNR replikuojama pusaiu konservatyviu būdu
PolI funkcija atsiliekančioje grandinėje
pašalina RNR pradmenis ir užpildo DNR
O spiralė
pirštų polimerazės struktūra, kuri lemia atvirą/uždarą konformaciją
DNR polimerazės struktūra
plyšys, delnas, pirštai, nykštys
nereguliarus polimeras
polimeras, kuris sudarytas iš nepasikartojančių monomerų
uždaroji aktyviojo centro konformacija
polimerazės konformacija, suartinanti substratus
replisomos sandara
praimosoma ir DNR holoenzimas
nesuporuotų nukleotidų reparacija
procesas, mažinantis replikacijos klaidų skaičių
DnaB baltymas
prokariotų replikacijos iniciacijoje dalyvaujanti helikazė
procesyvumas
savybė, kokio ilgio fragmentą gali fermentas susintetinti neatsijungęs
SSB protein
single-strande binding protein
sigma šerdinės dalelės struktūros funkcija
stimuliuoja epsilon struktūros aktyvumą
replikacinė šakutė
struktūra, kurioje pradedama replikuoti DNR
chi ir psi subvienetų funkcija
sąveika su SSB baltymias, replikacijos koordinacijai
priežastis, kodėl DNR turi būti antilygiagrečios
tam, kad DNR išlaikytų pastovią struktūrą
fosfodiesterinė jungtis katalizuojama polimerazės
tarp prijungiamo dNTP (vidinio) alfa fosfato ir ankstesnio dezoksinukleotido pentozės 3'-OH grupės
terminacijos taškas
taškas, kuriame susitinka replikacijos šakutės
savitieji terminacijos baltymai
terminacijoje dalyvaujantys baltymai, kai atskiriamos sudvigubėjusios chromosomos
ter sekos
terminacijos sekos: T1 ir T2
tus baltymas
termination utilization substance baltymas, kuris stabdo replikacijos šakučių judėjimą
ŽUK žiedo prijungimo dalys
trys gama-teta, delta ir delta'
sąlygos, sukuriančios tinkamą DNR molekulę tam, kad prisijungtų DNR polimerazė:
viengrandė ir pradmuo, 3' užsilenkęs galas, trūkis, prisijungęs baltymas
PolIII dalys
šerdinė dalis (x2), slystantieji žiedai (x2), žiedo užkėlimo kompleksas (x1)
ŽUK
žiedo užkėlimo (užnėrimo ant DNR) kompleksas
kiekviena bakterinė chromosoma turi...
...tik vieną replikacijos pradžią
epsilon šerdinės dalelės struktūros funkcija
3'->5' egzonukleazinis aktyvumas
kryptis, kuria sintetinama DNR
5' -> 3'
ŽUK komplekso sandara
7 baltymai
trijų tipų sekos svarbios oriC
AT rich, DnaA, GATC methylation sites
DNR matrica
DNR matricinė gradninė ir praimeris, prijungtas prie šios grandinės
alfa šerdinės dalelės struktūros funkcija
DNR polimerazinis aktyvumas
slystantieji žiedai
DNR polimerazių (PolIII) procesyvumo veiksniai
replikazė
DNR polimerazė, dalyvaujanti tik DNR replikacijoje
PolIII
DNR replikacija / reparacija
PolII funkcijos
DNR replikacija / reparacija, TLS
PolI funkcijos
DNR replikacija, Okazaki fragmentų brendimas, DNR reparacija
TLS
DNR sintezė ties pažaidomis
DNR girazė
II topoizomerazė, visada keliaujanti prieš helikazę ir atpalaiduojanti spirales
bakterijų polimerazės
PolI(A šeima), PolII(B), PolIII(C), PolIV(Y)
pagrindinė prokariotų polimerazė replikacijoje
PolIII
Okazaki fragmentų brendimo etapai
RNR pradmens pašalinimas, plyšio užpildymas, fragmentų sujungimas (ligazėmis)
TaqDNR polimerazė
Thermus aquaticus bakterijos DNR I Pol (PGR reakcijoje, netiksli)
PolII turimi aktyvumai
abu pagrindiniai aktyvumai
2 substratas
aktyvi matrica
PolIII šerdinės dalelės sandara
alfa, epsilon, sigma
slystančiųjų žiedų funkcijos
atsakas į DNR pažaidas, ląstelės ciklo valdymas, chromatino supakavimas į nukleosomas
DnaG baltymas
baltymas sintetinantis trumpus RNR pradmenis (DNR praimazė)
DNR ligazė
baltymas, kovalentiškai sujungiantis Okazaki fragmentus
DnaC baltymas
baltymas, padedantis helikazei prisijungti prie DNR (helikazės jungiklis)
pusiau konservatyvus būdas
būdas (kuriuo vyksta DNR replikacija), po kurio susidaro du nauji DNR dupleksai iš senos ir naujos grandinės
3'->5' egzonukleazės aktyvusis centras
centras, turintis klaidas taisantį aktyvumą
1 substratas
dATP, dGTP, dCTP,dTTP
Klenovo fragmentas
didysis PolI fragmentas, turintis pagrindinius aktyviuosius centrus
replikacijos savybės nuo iniciacijos srities
dvikryptė ir pusiau konservatyvi
DNR nukleotidil-transferazės
fermentai, jungiantys dNTP prie sintetinamos DNR grandinės ribozės 3'-OH grupės
DNR polimerazė
fermentas, sintetinantis DNR replikacijos ir reparacijos procesų metu
DNR praimazė
fermentas, sintetinantis RNR pradmenis (tai duoda pradžią DNR sintezei)
DNR III polimerazės holofermentas
fermentas, sudarytas iš 17 polipeptidų (10 skirtingų)
ŽUK ATPazinio aktyvumo dalys
ga,a ir teta subvienetai
Klenovo fragmento taikymas
galų bukinimui (genų inžinerijoje po endonukleazių kirpimo)
replikacijos etapai
iniciacija, elongacija, terminacija
proofreading funkcija (pačiose polimerazėse)
klaidas taisančio mechanizmo polimerazėje veikimas (sulėtėja greitis įjungus neteisingą nukleotidą)
praimosoma
kompleksas, sudarytas iš DNR helikazės ir praimazės
asparto aminorūgštys
konservatyvios polimerazių aktyviojo centro aminorūgščių liekanos
replisoma
laikinas baltymų kompleksas, veikiantis tik ties DNR replikacinėmis šakutėmis, jis užtikrina veiksmingą DNR kopijavimą
polimerzių reakcijos kofaktorius
magnio / cinko du plius jonai
indukuoto atitikimo mechanizmas
mechanizmas, vykstantis dėl aktyvaus centro konfigūracijos, kuris lemia polimerazės tikslumą